In besonderen Fällen - vor allem im gemeinnützigen Bereich - unterstützt die GLS Bank das Engagement der Kreditnehmerinnen und Kreditnehmer besonders. Für die komplette oder einen Teil der Finanzierung berechnet sie lediglich die Kosten für Personal- und Sachaufwand, einen Zinssockelbetrag und einen kleinen Zuschlag für die Abdeckung von Kreditrisiken- die so genannte Kostendeckungsumlage.
Das ist nur möglich, weil Kundinnen und Kunden der GLS Bank bei der Geldanlage den angebotenen Zins nur teilweise oder gar nicht in Anspruch nehmen. Die KDU kommt vor allem Leih- und Schenkgemeinschaften zugute, die gemeinschaftlich das Eigenkapital für die Finanzierung gesellschaftlich wichtiger Initiativen aufbringen. Sie wird jedes Jahr neu berechnet. Für das Jahr 2013 beträgt sie 2,50 % (2012 2,9,0%).
Insgesamt haben im Jahr 2012 (Stand 31.12.2012) 7.192 Kundinnen und Kunden der GLS Bank von der Möglichkeit, Zinsen zu gestalten, Gebrauch gemacht und 51 Millionen Euro zinsvermindert oder zinslos angelegt.

*Der Bereich Gesundheit umfasst Gesundheitseinrichtungen, -angebote und Behinderteneinrichtungen, die Ernährung ökologische Landwirtschaft und Biobranche, die Bildung Schulen und Kultur und Wohnen Leben im Alter, Wohnprojekte und Baufinanzierung.